знаешь, я вообще не совсем понимаю зачем тут apache на бекэнде нужен. nginx + php через fastcgi замечательно работает, у меня у самого так работает несколько сайтов и никаких проблем с этим бекэндом нет.
тут опять же, скорее дело в том, что апач работает со скриптами, которые в свою очередь работают с БД, и опять мы упёрлись в мускул, который тормозит тут нещадно, ну а следовательно не выполняются скрипты, возникает та самая очередь на их выполнение и в итоге отказ в обслуживании апача. и опять вопрос в НОРМАЛЬНОМ сервере БД, о чём я писал уже. как ты верно заметил, дело в оперативке (должно быть в среднем 1/2 от объёма БД) ну или на ходой конец, если уже очень большая база и нельзя столько оперативки запихнуть в мать сервера, в чём я сомневаюсь, в качестве "виртуальной памяти" - свопа, так называемого, использовать надо твёрдотельный накопитель SSD, работает очень быстро, объёмы достаточные, в принципе, обеспечит более менее нормальную работы БД.